南京大学大气科学学院历史悠久，是我国气象教育的发祥地。可追溯到1920年著名气象学家竺可桢先生在国内最早开设现代气象学课程和培养现代气象人才、1930 年建立的国内第一个气象学专业和1944 年建立的国内第一个气象学系。新中国成立后，历经近60 年的建设和发展，承担完成了国家和地方大量科研任务，在大气科学基础理论和应用研究领域取得了大量创新科研成果，为国家经济建设、社会发展和国防建设培养了大批优秀气象科技人才和业务骨干（其中8人成为中国科学院院士和工程院院士），已成为我国大气科学研究和高层次人才培养的主要基地之一。其中“气象学”二级学科点从1988 年就成为国家重点学科，在2002 年和2007 年的两轮国家重点学科评估中排名国内同类学科第一，“大气物理学与大气环境”二级学科点在2007 年成为国家重点(培育)学科。大气科学学院在原大气科学系基础上于2008 年成立,下设气象系和大气物理系。大气科学一级学科在2009 年教育部的评估中位居于全国高校同类学科第一。