南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是我国最早成立的水利科学研究机构；2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源中具有方向性、关键性和综合性的科学研究任务，兼作水利部大坝安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部南京计量检定中心。
    历经70多年的发展，经过几代人的共同努力，面向国际水利科学发展前沿，围绕国家经济社会发展需求，南科院已发展成为拥有30多个具有一定特色和优势的专业研究方向、在国内外具有重要影响的综合型水利科研院所。现设有水文水资源、水工水力学、河流海岸、岩土工程、材料结构、大坝安全与管理、农村电气化、水利水文自动化等8个研究所和水利信息技术研究中心，并设有南科院勘测设计院、江苏南水土建工程公司、南京瑞迪高新技术公司、江苏科兴工程建设监理有限公司、江苏运达科工贸公司等研究开发机构。建设有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水利部水科学与水工程重点实验室、港口航道泥沙工程交通行业重点实验室、通航建筑物建设技术交通行业重点实验室、水利部水文水资源工程技术研究中心、水利部水工新材料工程技术研究中心、水利部水文水资源监控工程技术研究中心等科技创新平台。
    南科院占地面积600余亩，已建成南京铁心桥水科学水工程试验研究基地和安徽滁州流域水文生态环境实验基地，拥有40多座试验大厅，试验室面积达12万m2,各类仪器设备6000多台(件)，藏有中、外文图书、资料和期刊32万卷册。承办并定期公开出版《水利水运工程学报》、《海洋工程》、《China Ocean Engineering》(英文版，国内外发行，EI全文检索)、《岩土工程学报》(EI全文检索)、《水科学进展》(EI全文检索)、《小水电》、《SHP News》、《水利信息化》等8种期刊。国际水文科学协会中国国家委员会、中国海洋工程学会、中国水利学会岩土工程专业委员会、中国水力发电工程学会高坝通航专业委员会、中国水力发电工程学会小水电专业委员会等办事机构设在南科院。
    南科院秉承“科学、规范、诚信、卓越”的科研质量方针，发扬“勤奋、严谨、求实、创新”的科研精神，组织开展重大科学技术问题研究，取得了一大批重要研究成果，为我国的水利、交通、能源的建设和管理培养了大批人才，解决了国家工程建设中的一系列重大关键技术问题，为国家经济社会发展作出了重要贡献。1978年全国科技大会至2009年，提出科研成果报告7100余篇，在国内外公开发表论文5400余篇，出版专著314部，获国家发明和实用新型专利53项，国家和省部级科技进步奖447项，其中国家级奖励76项。2000年通过ISO9001质量体系认证。目前拥有水利工程、水电、港口河海工程、水文地质、岩土工程咨询甲级资质；水文、水资源调查评价甲级资质；规划环境评价资质；水运行业、工程勘察、水利行业、建筑行业等勘察设计资质；水利工程、水运工程、公路工程甲级监理资质；以及地基与基础工程、防腐保温工程专业承包资质。
    南科院已与80多个国家和地区的高等院校和科研院所建立了良好合作关系并拥有直接进出口权；中国政府和联合国开发计划署联合在南科院设立了亚太地区小水电研究培训中心。
    南科院是国家首批相关学科博士、硕士学位授予权单位，现设有水利工程一级学科博士点，以及岩土工程学科博士点和环境工程等9个学科硕士点，并设有水利工程博士后流动站。